Lima belas tahun setelah peristiwa dahsyat yang dikenal sebagai Second Impact, dunia menghadapi ancaman baru: makhluk surgawi mengerikan bernama Malaikat menyerang Tokyo-3 satu per satu. Umat ​​​​manusia tidak mampu mempertahankan diri melawan para Malaikat meskipun mereka menggunakan amunisi dan taktik militer paling canggih. Satu-satunya harapan keselamatan manusia ada di tangan NERV, sebuah organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa yang dijuluki "Evangelions" untuk melawan para Malaikat dengan persenjataan canggih dan penghalang pelindung yang dikenal sebagai Absolute Terror Fields. Bertahun-tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, putra Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji menjalani pertarungan internal yang tiada henti melawan trauma terpendam yang disebabkan oleh kehilangan ibunya dan pengabaian emosional yang dideritanya di tangan ayahnya. Takut untuk membuka diri terhadap orang lain, kehidupan Shinji berubah selamanya setelah bertemu Misato Katsuragi, 29 tahun, seorang perwira NERV berpangkat tinggi yang menunjukkan kepadanya kebaikan keibuan berjiwa bebas yang belum pernah dia alami. Serangan Malaikat yang menghancurkan memaksa Shinji bertindak saat Gendou mengungkapkan motif sebenarnya mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mengemudikan Evangelion Unit-01 secara efisien, robot baru yang menyinkronkan dengan biometriknya. Meskipun trauma psikologis brutal yang diakibatkan oleh mengemudikan Evangelion, Shinji membela Tokyo-3 dari ancaman malaikat, tidak menyadari intrik gelap ayahnya. [Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]